Миссия Сан-Хуан-Капистрано была первоначально посвящена отцом Ласуэном 19 октября 1775 года. Но восемь дней спустя пришло известие, что в Сан-Диего происходит восстание; группа туземцев напала и убила миссионера. Падре и солдаты закопали колокола Сан-Хуана, собрали вещи и направились в форт в Сан-Диего на хранение. Год спустя отец Серра и другие францисканцы вернулись. Колокола все еще были целы, как и крест, который они установили на этом месте. Они отслужили мессу в День Всех Святых 1776 года, который до сих пор отмечается как официальный день основания.
Часовня отца Серры, которая впервые была использована в 1782 году, является вторым старейшим зданием в Калифорнии, которое все еще используется. В 1796 году началось строительство большой каменной церкви, которая должна была стать самой славной из всех церквей Калифорнии. Туземцы перевозили камни из каменоломни, расположенной в шести милях отсюда, чтобы построить Великую каменную церковь, которая была построена в форме креста длиной 180 футов и шириной 40 футов. Это была единственная часовня в Альта-Калифорнии, построенная не из самана. Согласно легенде, башню видно за много миль, а колокола слышны еще дальше. Церковь была завершена в 1806 году. К сожалению, шесть лет спустя серия сильных землетрясений стерла с лица земли большую часть церкви и колокольни; был праздник Непорочного Зачатия Пресвятой Богородицы, и церковь была битком набита прихожанами. Сорок два человека были убиты.
Настоящая реставрация произошла гораздо позже, в начале 20 века. Стены и потолок были отремонтированы и укреплены. В северной части был установлен красивый золотой алтарь. Д. В. Гриффит снял фильм «Два брата» в Сан-Хуан-Капистрано; это был первый фильм, когда-либо снятый в округе Ориндж. В 1911 году звезда немого кино Мэри Пикфорд вышла замуж за актера Оуэна Мура в часовне.
Из-за обширного ущерба, нанесенного церкви землетрясением, Всемирный фонд памятников включил «Великую каменную церковь» в свой список 100 объектов, находящихся под угрозой исчезновения. Однако реставрация продолжается, и ежегодно в Сан-Хуан-Капистрано приезжают сотни тысяч посетителей. Он известен своими обширными садами, пышными и красивыми, особенно на фоне обветренного камня зданий.
Весной тысячи ласточек путешествуют за тысячи миль от Центральной Америки, чтобы поселиться в старой церкви в округе Ориндж. Их прибытие отмечается парадами и праздниками. Миссия также проводит различные мероприятия, от изготовления глиняных горшков до фестивалей в течение всего года.