Один из лучших актеров своего времени, Бут убил президента Линкольна 14 апреля 1865 года, после чего покончил с собой. Но Бут проделал немалый путь на пути к смерти.
После выстрела в президента Бут выпрыгнул на сцену из ложи Линкольна в Театре Форда с криком «Sic semper tyrannis!», сломав при этом ногу. Он бежал через Мэриленд в Северную Вирджинию.
Находясь в бегах, ногу Бута лечил врач, которого позже судили за заговор. Бут и товарищ по заговору Дэвид Герольд прятались в болотах почти неделю. К 26 апреля федеральные офицеры загнали мужчин в угол, которые прятались в табачном амбаре. Бута уговорили уйти только тогда, когда сарай загорелся, но он отказался сдаться. Когда он выбежал с оружием наготове, сержант Томас П. «Бостон» Корбетт выстрелил в него. Солдат утверждал, что хотел только разоружить этого человека, но Бут прожил всего несколько часов после того, как офицеры вытащили его тело на крыльцо фермы.
Тело Бута зашили в попону и перевезли обратно в Вашингтон, округ Колумбия, по реке Потомак. Его вскрыли на военно-морской верфи и опознали, среди прочего, по татуировке его инициалов на запястье.
Во-первых, он был похоронен в старой тюрьме вместе со своими сообщниками, которые были там повешены. Останки Бута были эксгумированы и перезахоронены на складе тюрьмы в 1867 году. Наконец, в 1869 году его останки были эксгумированы в третий раз и переданы его семье.
Тело убийцы перевезли в Балтимор, город его юности, и похоронили на участке семьи Бутов на кладбище Грин-Маунт. Семейный участок легко найти благодаря возвышающемуся обелиску Юния Брута Бута. Но семья Бутов, в частности Эдвин, брат Джона Уилкса, считала, что сложное надгробие Джона Уилкса может привлечь нежелательное внимание и стать объектом актов вандализма. Посетители сегодня считают, что маленькое, простое, без опознавательных знаков надгробие обозначает место последнего упокоения Джона Уилкса Бута. Хотя некоторые считают, что белым камнем в семейном заговоре Бутов на самом деле является Азия Бут Кларк, старшая сестра Джона Уилкса. Вместо цветов или камней люди оставляют на надгробии монетки, как бы давая Линкольну последнее слово.