В комнате, изолированной справа от основного корпуса церкви, находятся некоторые из священных останков святой Маргариты, королевы Шотландии. В середине 19 века началась трудная и длительная кампания по поиску того, что осталось от ее разбросанных останков. Во время шотландской протестантской Реформации в 1560 году Данфермлинское аббатство подверглось разграблению. Здесь были похоронены многие шотландские дворяне, в том числе святая Маргарита и Роберт Брюс.
Чтобы сохранить останки, отдельные части скелета были разбросаны по всей континентальной Европе. Часть ее плечевой кости была прослежена до Мадрида под защитой короля Испании Филиппа II. Это продолжалось до 1862 года, когда Папа Пий IX с разрешения королевы Изабеллы II разрешил шотландскому епископу Джеймсу Гиллису вернуться в Шотландию с ее останками. Они находились на попечении сестер Урсулин в монастыре Святой Маргариты в Эдинбурге до 2008 года, когда их перевели на их нынешнее место.
Св. Маргарет, известная как «Жемчужина Шотландии», была родом из Венгрии и вышла замуж за короля Шотландии Малькольма III в 1070 году. У них было восемь детей, все шестеро мальчиков стали королями Шотландии, а одна из двух ее дочерей, Эдит, была коронована. Королева Англии Матильда. Маргарита была канонизирована в 1250 году папой Иннокентием IV. Она единственная святая женщина в Шотландии.
Помимо заботы о тех, кому повезло меньше, чем ей самой, Маргарет была известна своей благотворительностью по отношению к сиротам. Она отвечала за сохранение и содержание монастырей и других молитвенных домов по всей Шотландии. Ее самым большим вкладом было обеспечение безопасного паромного сообщения тысяч преданных, которые совершили паломничество через Ферт-оф-Форт, чтобы отдать дань уважения святому Андрею. Отсюда порты Северного и Южного Квинсферри получили свое название.