Хотя есть записи о церкви, стоящей на том же месте, что и Соборная церковь Сетон, относящейся к 13 веку, нынешнее здание было завершено в конце 15 века под покровительством семьи Сетон. Сетоны построили свой дворец рядом со старой церковью и в 1492 году выделили средства на превращение существующего святилища в коллегиальный.
Как коллегиальная церковь, до шести человек одновременно получали образование и рукополагались в священники ведущим ректором в Сетоне с оговоркой, что они будут постоянно молиться в пользу сетонов. После Реформации, когда во многих шотландских церквях были отменены мессы, Сетон был преобразован в частную семейную часовню.
Поскольку сетоны встали на сторону проигравших якобитов в начале восстания 18-го века, церковь в конечном итоге была заброшена до ее реконструкции по приказу ее нового владельца лорда Уэмисса в 1878 году. В 1920 году здание и прилегающая территория, включая руины жилых помещений священников, но исключая частный дворец Сетон, были объявлены Историческим памятником Шотландии.