Где в пустыне или в пустыни? - коротко
Правильно говорить «в пустыне» — это предложный падеж. Форма «в пустыни» ошибочна.
Где в пустыне или в пустыни? - развернуто
Выбор между «в пустыне» и «в пустыни» зависит от контекста и падежа существительного.
Если речь идет о предложном падеже (отвечает на вопрос «где?»), правильно использовать форму «в пустыне». Например: «Мы заблудились в пустыне» или «В пустыне очень жарко днем». В этом случае слово «пустыня» стоит в предложном падеже, где окончание «-е» является нормой.
Форма «в пустыни» возможна только в родительном падеже (отвечает на вопрос «чего?»), но с предлогом «в» она практически не употребляется. Такая форма встречается в конструкциях, например: «красота пустыни» или «пески пустыни». Однако если требуется указать направление или принадлежность, может использоваться родительный падеж с другими предлогами: «у края пустыни», «из пустыни».
Таким образом, в большинстве случаев, когда говорится о нахождении внутри пустыни, верно писать и говорить «в пустыне». Ошибка возникает из-за смешения падежных форм, но запомнить правильный вариант легко, задав вопрос: «Где?» — «В пустыне».