В 1899 году Рудольф Вирхов основал Патологический музей в Берлинском университете Шарите, где он занимал должность директора Патологического института.
Вирхов заполнил музей более чем 23 000 экземплярами перед своей смертью в 1902 году. Музей был закрыт для публики вскоре после его смерти, но продолжал использоваться в качестве учебного ресурса. В это время коллекция продолжала расти, но из-за тяжелых повреждений, полученных во время Второй мировой войны, нетронутыми остались только 1800 экземпляров. Музей был вновь открыт в 1998 году в том же месте, но с более широкой направленностью, чем оригинал, и был переименован в Берлинский музей истории медицины.
Сегодня музей охватывает 300-летнюю историю медицины и содержит 10 000 образцов, некоторые из которых относятся к оригинальной коллекции Вирхова. Выставленные на обозрение образцы имеют разную степень беспокойства - от легкого артрита колена до поистине гротескных образцов плода, которые включают редкие врожденные деформации, такие как сиреномелия и циклопия. В дополнение к патологическим образцам в музее также есть анатомический театр и историческая палата с железными легкими и родильным креслом 19-го века.
Из-за тревожного характера выставок посетители в возрасте до 16 лет не допускаются без опекуна.