В 15 веке этот замок был лишь одной из многих вилл на Эуганских холмах в северо-восточной Италии. Но в 1570 году маркиз Пьетро Энеа I Обицци, член могущественного итальянского дворянского рода Обицци, решил перестроить и расширить виллу, превратив ее в большой замок. Интерьер был украшен фресками Джованни Баттиста Зелотти, ученика известного художника Пьетро Веронезе. Фрески изображают события, начиная с римской эпохи и заканчивая военными триумфами семьи Обицци.
В течение следующих столетий замок и его территория продолжали расти, с новыми садами, фонтанами и даже театром. Поместье перешло к герцогам Модены и Реджо, членам семьи Габсбургов-Эсте, в начале 19 века, и был построен совершенно новый район, известный как Кастель-Нуово (Новый замок).
Замок был оставлен австрийскому эрцгерцогу Францу Фердинанду, который использовал его для охоты и отдыха. После Первой мировой войны он стал собственностью Королевства Италии. В 1929 году Италия продала собственность с аукциона, и владельцы превратили территорию в табачную ферму до 1970-х годов.
Castello del Catajo впервые был открыт для публики в 1994 году, но затем снова закрыт и продан. В 2015 году замок был продан, и новые владельцы начали ремонт. Он вновь открылся для публики в 2018 году, хотя некоторые реставрационные работы продолжаются.