Климат в Памплоне находится между Средиземноморьем и Атлантическим океаном. Он характеризуется непредсказуемостью и резкими сменами времен года. Что является постоянным, так это облачность, которая устанавливается в течение большей части года.
Среднегодовая температура города составляет 12,4 градуса. Лето и зима очень разные. Летом достигаются максимумы 27°C, причем самым теплым является август. Дни сухие и ясные, хотя возможен дождь. Зимой температура может опускаться до 1,1°C, причем самым холодным месяцем является январь. Дожди продолжаются, бывают дни со снегом и морозом.
В течение года в среднем бывает 300 пасмурных и пасмурных дней, с регулярными осадками в течение года, которые особенно выражены в периоды с октября по декабрь и с апреля по май. Наибольшее количество ясных дней приходится на июль и август, по восемь дней в каждом, тогда как в декабре в среднем всего два ясных дня. С ноября по апрель концентрируются снежные и морозные дни.