Большая часть мощей святой Женевьевы была публично сожжена во время Французской революции, но некоторые небольшие уцелевшие части, а также скала, на которой покоилась ее могила, хранятся в Сент-Этьен-дю-Мон.
Сама церковь на горе Сент-Женевьев начала строиться в 1517 году и была закончена в 1627 году. В церкви также находятся могилы Блеза Паскаля и Жана Расина. Жан-Поль Марат был похоронен на одном из двух церковных кладбищ, хотя ни одного из них больше не существует.
После Французской революции церковь была преобразована, как и ее сосед Пантеон, в святыню разума, названную «Храмом сыновней почтительности». Это было примерно в то же время, когда мощи святой Женевьевы, покровительницы Парижа, были уничтожены. То, что было спасено, находится в небольшой часовне в переосвященной церкви, в том числе ее погребальный камень, заключенный в золотую решетку, и некоторые мелкие останки святой, помещенные в стеклянный цилиндр.
Двойная винтовая лестница с мансардой наверху называется джубе. Это своего рода перегородка, которая первоначально отделяла мирян от главного алтаря. Этот был установлен в 1530 году и создан Биартом ла Пером. Большинство решеток были сняты во время Контрреформации или после II Ватиканского собора. Это единственный сохранившийся экземпляр в Париже.