На протяжении веков Пекос-Пуэбло с его выгодным расположением на реке Пекос служил важным торговым центром между народом пуэбло и народами Великих равнин, население которого выросло до более чем 2000 человек. Но время и колонизация в конечном итоге превратили некогда впечатляющее поселение в руины (все еще впечатляющие), которые стоят сегодня.
Первое поселение на этом месте возникло около 1100 года, и за столетия оно превратилось в процветающее торговое сообщество. Затем, в 15 веке, общиной заинтересовались испанские поселенцы. Жители Пекос-Пуэбло отложили постоянное поселение испанцев на этом месте на 50 лет, убедив первых прибывших испанцев, что они могут найти золото на Великих равнинах. Несмотря на попытки сбить их с пути, испанцы в конце концов основали постоянное поселение в Пуэбло в 1598 году.
Прибытие испанских миссионеров изменило Пекос, поскольку испанцы изначально уничтожили многие религиозные символы пуэбло. К югу от Пуэбло в 1618 году была построена большая миссионерская церковь, что вызвало вполне понятные трения между пуэблоанцами и испанцами. Во время восстания пуэбло 1680 года жители Пекоса сожгли миссию и построили киву - подземную камеру с квадратными стенами, используемую для духовных церемоний - прямо за руинами. Однако, не приняв ответа «нет», испанцы начали отвоевание Пуэбло в 1693 году и перестроили миссию в 1717 году. Остатки этой второй церкви, а также кивы сохранились до сих пор.
Со временем популяция пуэбло сократилась в результате болезней и набегов команчей, среди прочих факторов. К тому времени, когда в 1820-х годах была проложена тропа Санта-Фе, которая проходила недалеко от Пекос-Пуэбло, в Пуэбло было мало живых жителей. Последние жители уехали в 1838 году, переехав в нынешний Хемес Пуэбло.
Сохранились руины многих зданий Пуэбло и второй церкви, построенной из прочного сырцового кирпича, который до сих пор используется в усилиях по сохранению этого места. Они дают уникальную возможность заглянуть в то, что когда-то было богатым городом и важным торговым центром, действуя как своего рода памятник культуре, почти забытой историей.