Депортация евреев Флоренции во время зверств Второй мировой войны хорошо задокументирована. Из 243 человек, изгнанных из города, после окончания войны вернулись только 13. Роль вокзала Санта-Мария-Новелла в этих преступлениях подтверждается поразительной мемориальной скульптурой и стальной табличкой на платформе 16.
Скульптура состоит из отрезка железнодорожного пути, перекрытого несколькими большими каменными блоками, по-видимому, расколотыми металлическим шипом. Он чтит память о поездах с евреями и другими гражданами Италии, которые были перевезены с платформы 16 в нацистские концлагеря во время Холокоста.
Без ведома многих, на вокзале также есть гораздо менее заметный памятник другой депортации, имевшей место во время войны, в данном случае с более политическими мотивами.
В начале марта 1944 года Италия была разделенной страной. На юге итальянцы свергли Муссолини и перешли на сторону союзников. На севере, в том числе во Флоренции, фашисты создали Социальную Республику Италии при Муссолини и были поддержаны немецкими оккупантами.
В первых числах марта Комитет национального освобождения Северной и Центральной Италии объявил всеобщую забастовку в контролируемой фашистами части страны. В ответ фашисты и нацисты во Флоренции арестовали сотни мужчин и женщин и допросили их в старой школе на Пьяццо, Тассо. Все женщины были освобождены, но 338 мужчин были доставлены на станцию Санта-Мария-Новелла и депортированы в лагеря смерти в Германии, в основном в Маутхаузен. Только 64 из них, 19 процентов, дожили до конца войны.
В 47-ю годовщину депортации на вокзале была открыта довольно скромная табличка, указывающая на то, что платформа 16 была последней частью Флоренции, которую когда-либо видели большинство изгнанных граждан.