Древний Пенджикент был одним из самых восточных поселений Согдийской империи, иранской цивилизации, правившей обширными территориями в Центральной Азии более тысячи лет назад. Зороастризм был преобладающей религией империи, и в его священных книгах Согдиана упоминается как вторая лучшая земля, созданная богом.
История Согдианы восходит к бронзовому веку и далее и включает в себя таких исторических знаменитостей, как Кир Великий, Дарий I, Ксеркс и Александр Великий. Но расцвет империи начался примерно в начале 400-х годов нашей эры благодаря обширной торговле вдоль Шелкового пути.
Вдоль знаменитого древнего торгового пути можно было найти бесчисленные согдийские поселения всех размеров, и самые крупные из них де-факто действовали как города-государства. Пенджикент был одним из них, и его важность подкреплялась тем фактом, что любой, кто путешествовал между Самаркандом и Кухистонскими горами, должен был пройти через этот город.
Археологи нашли доказательства того, что Пенджикент был основан около 400 года и был заброшен к концу 800 года. 722 год ознаменовался приходом арабских завоевателей, что привело к оставлению города и внедрению исламской религии в область, край. В отличие от большинства других древних поселений в Центральной Азии, Древний Пенджикент был покинут в спешке и никогда не застраивался последующими жителями.
Раскопки древнего города начались в 1946 году и продолжаются до сих пор. К настоящему времени археологи раскопали жилые и пригородные кварталы, включающие два зороастрийских храма, скромные жилища и мастерские; цитадель, включающая в себя большой дворец и крепостные стены; и некрополь со свидетельствами оссуариев и огненных алтарей, типичных для зороастрийских цивилизаций. Эти здания разделены сетью улиц и переулков, часто перекрытых сводами. Преобладающим методом строительства были сырцовые и глиняные кирпичи, которые до сих пор используются для загонов и конюшен.
Одной из самых замечательных находок в Древнем Пенджикенте были фрески, некоторые из которых прекрасно сохранились и раскрывают аспекты жизни и религиозных верований той эпохи. Некоторые из этих фресок сейчас находятся в музее Рудаки, расположенном в центре Пенджикента, а другие - в Национальном музее в Душанбе и Эрмитаже в Санкт-Петербурге, Россия.