Св. Утверждается, что Фома, один из 12 апостолов Иисуса Христа, принес христианство в Индию в 52 году нашей эры, где он был убит как мученик. Его мощи были перевезены во многие места после его смерти, пока большинство из них не нашли свое последнее пристанище в базилике Сан-Томмазо в Ортоне, Италия.
Некоторые мощи святого Фомы до сих пор находятся в Ченнаи, Индия, недалеко от того места, где он умер и был похоронен. Другие оказались на греческом острове Хиос в начале XIII века, где, предположительно, и остался череп св. Фомы. Третьи отправились в Италию в 1258 году, когда генерал Ортоны Леоне Аччайуоли посетил греческий остров с тремя галерами и получил духовный опыт.
После успешного разграбления этого места генерал пошел в местную церковь помолиться. По легенде, легкая рука дважды махнула ему, маня подойти поближе, и он почувствовал сладость и покой, как никогда прежде. Затем Аччайуоли залез в гробницу и взял кость. Нимб вокруг костей был для него доказательством того, что он действительно нашел мощи святого апостола Фомы. На следующую ночь он вернулся и украл остальные реликвии и гробницу.
В 1358 году реликвии были перенесены в местную церковь в Ортоне, которая была возведена в малую базилику папой Пием IX в 1859 году. в склепе и остаются по сей день.
Мощи пережили столетия бурных событий - землетрясение, нападение турок, пожар, нападение французов - но остались нетронутыми. Через некоторое время их положили под алтарь церкви. Церковь снова пострадала во время Второй мировой войны под немецкой оккупацией. Тяжелый серебряный бюст святого Фомы был спрятан от немцев в темном углу церкви под бревном, а мощи, увидевшие свет впервые за 150 лет, были спрятаны в доме священника.
С открытием церкви после ремонта и перестройки в 1949 г. гробница и мощи апостола св. Фомы, хранившиеся в позолоченной медной раке, были помещены в склеп базилики и остаются там до Cегодня. Бюст святого Фомы, который содержит некоторые фрагменты его кости черепа, также снова выставлен в церкви. Сегодня многие люди приезжают посетить Базилику Сан-Томмазо во время своего 195-мильного паломничества «Каммино-ди-Сан-Томмазо» по маршруту Святого Фомы из Рима в Ортону.